Organy zostały zbudowane przez Andreasa Hildebrandta z Gdańska na przełomie lat 1717 - 1719. Był to pierwszy tak duży instrument artysty, który należał do pokolenia sławnego królewieckiego organmistrza Johanna Josua Mosengela. Instrument został ustawiony w dwóch niezależnych szafach organowych w taki sposób, iż w szafie południowej miejsce znalazł mechanizm obu sekcji manuałowych, w północnej zaś obie sekcje pedałowe. Podobne rozwiązanie Hildebrandt znał z kościoła św. Trójcy w Gdańsku, dla którego kaplicy św. Anny w 1710 r. budował nowe organy. Główne organy kościoła św. Trójcy, których trzon pochodził jeszcze z XVII w., posiadały dwie ustawione obok siebie szafy organowe, z których jedna - dodana w 1703 r. - zawierała wyłącznie rejestry pedałowe. Przez wieki organy były naprawiane i rozbudowywane.
W ostatnich dniach II wojny światowej zostały częściowo rozszabrowane, następnie między 1950 i 1975 r. uzupełnione piszczałkami cynkowymi wykonanymi przez polskie firmy organmistrzowskie. W wyniku tych prac organy stały się sprawne, ale także rozwarstwione pod względem stylistycznym i brzmieniowym.
Silne zabrudzenie, zbutwienie części skórzanych, brak regularnej opieki nad instrumentem oraz nieprofesjonalne próby naprawy sprawiły, iż organy stały się praktycznie nieme. Konieczność przeprowadzenia remontu wynikała z bezpośredniego zagrożenie statyki organów, całkowitej niesprawności mechanizmu, materiałowej i brzmieniowej niejednolitości głosów oraz zaatakowania przez korniki.
W roku 2009 opracowano ekspertyzę konserwatorską, powołano komisję organową i zaangażowano konsultantów z Polski i z Niemiec (ekspertów działających w stowarzyszeniu Baltisches Orgel Centrum e.V. w Stralsundzie oraz w Akademii Muzycznej im. Grażyny i Kiejstuta Bacewiczów w Łodzi). Przeprowadzono wstępne badania porównawczne na innych zachowanych jeszcze częściowo XVIII-wiecznych organach Andreasa Hildebrandta i jego uczniów. W latach 2010 - 2013 przeprowadzono gruntowną renowację instrumentu.
