Wszystkie projektowane przez Mehoffera postaci miały także podkreślać sakralny charakteru wnętrza. Uczeń Matejki zaczął od wykonania prezbiterium, gdzie widać „Chrystusa Króla” oraz cztery przedstawienia figuralne Jezusa Chrystusa na ścianach północnej i południowej w przęsłach prezbiterium. Później przyszedł czas na sklepienia i nawy.
W kościele jest też 8 witraży autorstwa Józefa Mehoffera. Początek ich realizacji sięga roku 1934, a ich historię znakomicie odzwierciedla bogaty zbiór korespondencji pomiędzy artystą a ks. Florczakiem. Realizacją projektów Mehoffera miały zająć się Krakowskie Zakłady Witrażów Żeleńskiego, gdzie w 1936 trafiły pierwsze kartony.
Do wybuchu II wojny światowej zamontowano 8 witraży, z czego 4 figuralne, maryjne zamontowano w prezbiterium. Pozostałe cztery znajdują się w kaplicach bocznych i są pozbawione scen figuralnych, mają charakter symboliczny. Mehoffer planował witraże do wszystkich okien jednak wybuch wojny uniemożliwił dalszą realizację. Jeszcze w 1939 roku krakowskie zakłady ukończyły kolejny witraż Św. Teresy jednak nie udało się go przewieźć do Turku.
Kolejne dzieła profesora to olejne obrazy sztalugowe: Stacje Męki Pańskiej (stanowią niewielkie szkice do zrealizowanych w dużych rozmiarach stacji w kaplicy kościoła Franciszkanów w Krakowie; prace nad tym cyklem Mehoffer rozpoczął już w 1930 roku, a kontynuował ją podczas trwania robót w Turku) oraz obrazy ołtarzowe umieszczone w prawym ramieniu transeptu - „Matka Boska Częstochowska” i służący do zasłaniania tego obrazu „Św. Stanisław Kostka”.
W 2001 r. pojawił się pomysł rekonstrukcji i montażu dalszych witraży. Zaczęło się od wystawy w miejscowym muzeum pt. „Józef Mehoffer twórca znany i nieznany”. Powołane w Turku stowarzyszenie nawiązało współpracę z wnukiem artysty Ryszardem Mehofferem, z Muzeum Narodowym w Krakowie (oddział Dom Mehoffera) oraz z Krakowskimi Zakładami Witrażów im. S. G. Żeleńskiego. Efektem było wstawienie w 2002 r. do kościoła N.S.P.J. w Turku kolejnych ośmiu witraży.
Kościelne polichromie, witraże, obrazy sztalugowe oraz sprzęty ruchome stanowią owoc późnej twórczości Mehoffera.
W 1936 roku Mehoffer został uznany Honorowym Obywatelem Miasta Turku. W 2009 roku w pobliżu kościoła stanęła Ławeczka z Mehofferem.
