Monumentalny gmach świątyni nie tylko góruje nad Bieczem, ale jest także jednym z najważniejszych zabytków późnogotyckiej architektury w Małopolsce. Wykonana z kamienia i cegły świątynia z trójnawowym wnętrzem otoczona jest ośmioma kaplicami.
Najstarszą częścią kościoła jest prezbiterium z drugiej połowy XV wieku. Prezbiterium od strony zewnętrznej posiada ornamentykę o wzorach geometrycznych z cegły zendrówki. Najstarsze są tu późnogotyckie stalle pod chórem, chrzcielnica brązowa z roku 1480, obraz bizantyjski Matki Boskiej z XV wieku w bocznym ołtarzu oraz szafka w zakrystii z gotyckim obramieniem i datą 1497 r.
Do najcenniejszych sprzętów renesansowych należą: stalle z roku 1594 umieszczone pod chórem, epitafia mieszczańskie rozwieszone na ścianach, dwie ławy w nawach bocznych, portret Marcina Kromera.
Ołtarz składa się z trzech części. Na środku cenny obraz- „Zdjęcie z Krzyża” z połowy XVI w. powstały we Włoszech w kręgu Michała Anioła. To jedno najcenniejszych płócien wiszących w polskich kościołach. Obraz wzorowany jest na Piecie Michała Anioła. W drugiej części ołtarza późnogotycka scena zaśnięcia Matki Boskiej a w trzeciej Koronacja Matki Boskiej, która miała wyjść spod dłuta syna Wita Stwosza – Stanisława. W ścianę prezbiterium wmurowany wystający głaz ponoć pochodzący z pogańskiej gontyny. Polichromia prezbiterium zaprojektowana i wykonana przez Włodzimierza Tetmajera, któremu pomagał uczeń Matejki, pochodzący z Biecza Apolinary Kotowicz. Przed kościołem dobrze zachowały się fragmentu murów obronnych z jednym z trzech znanych w naszym kraju Barbakanem. W pobliżu znajduje się dzwonnica z XV w. kiedyś znajdująca się w linii muru obronnego. Od strony południowej na murze kościoła znajduje się 13 figur wykonanych z kamienia pińczowskiego przedstawiających apostołów. Fundowane były przez pątników z Węgier, a także osobistości z regionu Biecza.