Aktualnie w jego zbiorze znajduje się około 1,2 tys. ikon. Zachwycić się tu można nie tylko zbiorami, ale także nastrojem jaki tworzą sale stylizowane na pustelnicze pieczary, wnętrza cerkwi, wiejską chatę. Prezentację eksponatów dodatkowo wzbogacają pokazy multimedialne oraz muzyka cerkiewna. Duża część ikon jest darem celników, którzy zatrzymali je w czasie prób przemytu do Polski. W muzeum obejrzeć można m.in. ikony związane z Chrystusem, Matką Boską i z 12 najważniejszymi świętami prawosławnymi. Najstarsze pochodzą z XVIII wieku. Jedną z 9 sal poświęcono ikonom różnych świętych, a w ostatniej prezentowane są freski, które częściowo udało się uratować z wysadzonej w roku 1944 przez Niemców cerkwi. W czasie zwiedzania widzowie obejrzą trzy filmy: o malowaniu ikon, historii supraskiego klasztoru oraz o cerkwiach na Podlasiu.
Dodatkową atrakcją jest możliwość sprawdzenia swoich umiejętności w malowaniu ikon.
Zwiedzając Muzeum Ikon nie można pominąć mieszczącego się obok Muzeum Sztuki Drukarskiej i Papiernictwa. Najstarsza maszyna drukarska będąca w jego zbiorach pochodzi z połowy XVIII wieku.
