Muzyczne początki zespołu to demo zawierające 10 utworów stworzone przez Liama Howletta przy użyciu Rolanda W-30. Płytą zainteresowała się wytwórnia XL Recordings i w lutym 1991 roku pod jej szyldem ukazała się EP-ka „What Evil Lurks”. Pierwszy koncert, już w składzie z Keithem Flintem i Leeroyem Thornhillem, miał miejsce w klubie Four Aces w Dalston. Pół roku później ukazał się singiel „Charly” – pierwszy wielki przebój grupy na scenie rave. Utwór dotarł do 3. miejsca na brytyjskim zestawieniu muzycznym. Natomiast na kompilację „Kaos Theory” trafił utwór „G Force (Energy Flow)”. Choć brzmienia hardcore wzbudzały szał wśród klubowiczów, krytycy zdawali się nie zauważać rodzącego się gatunku. Określali oni muzykę The Prodigy jako „kiddkie rave” i „toytown techno”.
Przełomowym wydawnictwem na brytyjskiej scenie rave był pierwszy album zespołu, zatytułowany „Experience” z 1992 roku. Gościnnie wystąpił na nim Maxim Reality w utworze „Death of the Prodigy Dancers”. Ilość singli, jaka pochodziła z tej płyty sprawiła, że zespół został dostrzeżony przez świat muzyczny. Scena rave zaczęła odłączać się od gatunku hardcore, z którym była do tej pory związana. Howlett wypuścił singiel „Earthbound I”, a na jego okładce znajdował się tylko tytuł utworu – nie było nazwy zespołu. Hipnotyczne, ostre brzmienia zdobyły uznanie undergroundowego świata. Wielu dziennikarzy, którzy wcześniej krytykowali formację, teraz zostało ich zagorzałymi fanami. Później utwór ten oficjalnie ukazał się na singlu jako „One Love” i dotarł do 8. miejsca list przebojów. Dwa lata później zespół wydał „Music for the Jilted Generation”. Płyta dotarła na szczyt list przebojów. W warstwie brzmieniowej – była o wiele szerszym przekrojem stylistycznym – od mocnego techno po breakbeatowe brzmienia, czy wstawki inspirowane rockiem. Album był nominowany do Mercury Music Prize. Howlett sprawił, że Prodigy odnieśli komercyjny sukces, podążając własną ścieżką, a przy tym grając mocną muzykę dance. Zespół odmówił między innymi wystąpienia w programie Top of the Pops, nie chcąc być kojarzonym z komercyjnymi wykonawcami. W telewizji pojawili się po raz pierwszy dopiero w programie BBC2 z serii „Dance Energy” w 1991 roku, gdzie wykonali „Everybody In the Place”. Pomimo tego, ich teledyski były często promowane w MTC Europe.
Aby zdyskontować sukces płyty muzycy zatrudnili do współpracy gitarzystę Jima Daviesa (później Pitchshifter). Wspomagał on zespół w takich utworach jak „Their Law”, czy „Break and Enter 95” oraz w występach na żywo. Wkrótce zastąpił go Gizz Butt z zespołu Janus Stark – jego kadencja w zespole trwała zaledwie trzy lata. Wydany w 1996 roku „Firestarter” z wokalem Keitha Flinta pozwolił zespołowi przebić się na muzyczne rynki po drugiej stronie Oceanu. Muzycy byli także główną gwiazdą na festiwalu Lollapalooza. W 1997 roku ukazał się długo oczekiwany kolejny album grupy. Nosił on tytuł „The Fat of the Land”. Podobnie jak poprzednie wydawnictwa, rozwinął brzmienie sceny dance, trafiając ponadto do publiczności nigdy z nią nie związanej. Na płycie można znów było usłyszeć uproszczone melodie, rzadsze sample i więcej punkowych wokali – longplay przyniósł breakowe brzmienia „łamiące kości” i typowe dla zespołu syntezatory, trafiając ponownie na pierwsze miejsca list przebojów. Kontrowersyjne nagranie „Smack My Bitch Up” trafiło nawet na rockowe listy przebojów. Utwór spotkał się z protestem ze strony National Organization for Women, twierdzącej, że tekst nakłania do przemocy wobec kobiet. Howlett przekonywał, że miał na myśli tylko to, aby wszystko w co wkłada się pasję – na przykład w występy na scenie – wykonywać z ekstremalna energią. Tekst natomiast był zaczerpnięty z utworu „Give The Drummer Some” zespołu Ultramagnetic MCs. Ze względu na kontrowersyjny przekaz teledysku, MTV prezentowało go tylko w nocy.
Podczas występu na festiwalu w Reading 29 sierpnia 1998 roku doszło do sprzeczki pomiędzy The Prodigy i Beastie Boys odnośnie „Smack My Bitch Up”. Beastie Boys zażądali wycofania utworu z setlisty, twierdząc, że mógłby on urazić osoby, które doznały przemocy domowej. Muzycy wykonali jednak ten utwór – Maxim zapowiedział na scenie, że „pomimo tego iż ich o to proszono, on będzie grał to co chce i nie podda się żadnym naciskom”. Popularne sklepy, Wal-Mart i Kmart zapowiedziały, że wycofają album z półek sklepowych, jednak nie uczyniły tego co najmniej przez 20 tygodni, sprzedając w ten sposób ponad 150 000 kopii.
W 1999 roku ukazało się sygnowane nazwą grupy „The Dirtchamber Sessions Volume One” – DJ-ski miks stworzony przez Howletta na bazie gościnnych występów w brytyjskim Radio 1.
W 2002 roku do sklepów trafił kolejny kontrowersyjny singiel „Baby’s Got a Temper”, w którego tekście pojawiają się odniesienia do pigułki gwałtu – Rohypnolu. Nie jest jednak do końca jasne ,czy zespół gloryfikował ją czy potępiał. Pomimo tego Q magazine zamieścił zespól na liście 50 wykonawców, których powinno się zobaczyć przed śmiercią.
Czwartą płytą zespołu był „Always Outnumbered, Never Outgunned”, wydana w sierpniu 2004 roku. Promowały go nagrania – „Memphis Bells” i „Girls”. 5000 cyfrowych plików pierwszego z nich zostało sprzedane poprzez Internet. Każda z nich to wybrana spośród 39600 wersji rytmicznych, melodycznych i instrumentalnych dostępnych na stronie.
Rok później grupa zaprezentowała kompilację „Their Law: The Singles 1990-2005”, zawierającą remiksy starych przebojów. Płyta dostępna była także w formacie DVD. Ponadto pojawiły się także reedycje pierwszych dwu albumów grupy w rozszerzonych wersjach z dodatkowymi nagraniami.
Na początku listopada 2008 roku zapowiedziano wydanie nowej płyty, która miała nosić tytuł „Invaders Must Die”. Płyta ukazała się ostatecznie 21 lutego 2009 roku pod szyldem wytwórni „Take Me To The Hospital”. Gościnnie wystąpił na niej Dave Grohl (Nirvana, Foo Fighters, Queens of the Stone Age, Them Crooked Vultures) w utworze „Run with the Wolves”. Przy produkcji dwóch przebojów „Omen” i „Invaders Must Die” wspomógł grupę James Rushent z Does It Offend You, Yeah?. Brzmienie The Prodigy nawiązywało tu do klasycznych dokonań z okresu ery rave. Krążek już w pierwszym tygodniu osiągnął w Wielkiej Brytanii sprzedaż prawie 100000 kopii docierając do 1. miejsca na listach. 11 maja 2009 ukazał się singiel „Warrior’s Dance” zawierający sample z utworów „Take Me Away” Final Cut i „Let The Warriors Dance: Addis Posse”. 3 remiksy utworu były sprzedawane przez oficjalną stronę zespołu. Ponadto płytę promował także utwór „Take Me To The Hospital”, do którego teledysk nakręcono przy pomocy kamery VHS, aby oddać klimat lat 90 XX wieku. Zespół ma w planach występy na wielu festiwalach, w tym tegorocznym Coke Live. Prodigy do tej pory trzykrotnie koncertowali w Polsce.
Beastie Boys • Nirvana • Foo Fighters • Queens Of The Stone Age • Max Romeo • Tommy Sparks • Hadouken! • Noisia • Sub Focus • Moby • The Qemists