Pozostali więc tylko Dickie, Leigh i Paul i w takim ustawieniu nagrano pierwszy longplay zespołu, „Vincebus Eruptum”, pochodzący ze stycznia 1968 roku. Krytycy zwracali uwagę, że grupa gra „bardzo, bardzo głośno”. Siedem miesięcy później ukazał się album „Outsideinside”, po premierze którego z formacją rozstał się Stephens. Na jego miejsce przyjęto Randy’ego Holdena.
W marcu następnego roku wydano płytę „New! Improved! Blue Cheer”. Ponieważ nieoczekiwanie dla wszystkich – Holden postanowił się wycofać – materiał nagrywano również przy wydatnej pomocy Bruce’a Stephensa. Dodatkowo, na klawiszach zagrał niejaki Ralph Burns Kellogg. Uzyskano w ten sposób bardziej komercyjne brzmienie zespołu, coś pomiędzy Steppenwolfem a Iron Butterfly. Tymczasem pod koniec roku, na półkach sklepowych pojawił się kolejny ich album, „Blue Cheer”. Był to ostatni krążek ze Stephensem w składzie – jego miejsce zajął potem utalentowany Gary Lee Yoder. Równocześnie z uwielbieniem ze strony fanów – nie szła im współpraca z prasą. Wytykano muzykom ich sprzeciw wobec wojny w Wietnamie i ogólnej sytuacji społecznej.
W 1970 roku doszło do kolejnych przetasowań personalnych. W nowym ustawieniu grali teraz – Peterson, Kellogg, perkusista Norman Mayell i Yoder. We wrześniu wydali płytę „The Original Human Being”, a w kwietniu 1971 roku swoją premierę miał słabo sprzedający się album „Oh! Pleasant Hope”, dlatego już rok później zdecydowano o tymczasowym zawieszeniu działalności.
Przerwa trwała dwa lata. W 1974 roku wznowiono koncerty, podczas których grali – obaj bracia Peterson, gitarzysta Ruben de Fuentes oraz perkusista Terry Rae. Rok później, miejsce Dickiego zajął Nick St. Nicholas (Steppenwolf). Niestety i to nie pomogło, by grupa znów się rozpadła.
Na przełomie 1978 i 1979 roku Dickie postanowił reaktywować formację, do współpracy zaprosił grającego na gitarze Tony’ego Rainiera oraz perkusistę Mike’a Flecka. Ale było jeszcze gorzej. Nawet nie weszli do studia…
Kolejną próbę zwarcia szeregów (niestety znów nieudaną), podjęto w 1983 roku. Rok później Peterson miał więcej szczęścia – razem z Whaley’em i Rainierem nagrał longplay pod znamiennym tytułem „The Beast Is Back”, który ukazał się po trzynastu latach od ostatniej płyty, „Oh! Pleasant Hope”. Niedługo potem odszedł Whaley, najpierw zastąpił go Brent Harknett, a potem Billy Carmassi. W tym samym czasie doszło do kolejnych roszad – wrócił de Fuentes i Davis, a potem wartę przejęli Andrew „Duck” MacDonald i Dave Salce.
W latach 1989-1993 zespół skupił się na koncertach i to głównie w Europie. Dzielili wtedy sceny z takimi sławami, jak Thunder, Ten Years After, The Yardbirds, czy Danzigiem. Z tego okresu pochodzi ich pierwsze wydawnictwo live, „Blitzkrieg over Nüremberg”. Muzykom tak spodobało się na Starym Kontynencie, że postanowili zamieszkać w Niemczech (Peterson wydał nawet solową płytę w Kolonii).
Nie przeszkodziło im to jednak wydać w 1990 roku studyjnego krążka, zatytułowanego „Highlights and Lowlives” i nagranego w konwencji heavy metalu z silnymi inklinacjami bluesowymi. Pod płytą podpisali się – Peterson, Whaley i MacDonald, zastąpiony niedługo potem przez Dietera Sallera. W tym ustawieniu nagrano płytę „Dining with the Sharks” (1991). Gościnnie pojawił się także znany z Groundhogs - gitarzysta Tony McPhee. Dwa lata później Whaley’a zastąpił Gary Holland.
I znów, tym razem na sześć lat (1994-1999) grupa ponownie zawiesiła działalność.
Powodem do reaktywacji, okazała się trasa koncertowa, na którą Peterson i Whaley zaprosili także MacDonalda. W 2000 roku ukazał się w hołdzie formacji album „Blue Explosion - A Tribute to Blue Cheer”, a wśród zaproszonych gości był między innymi Pentagram, Internal Void, Hogwash i Thumlock.
Pod koniec października 2005 roku, Peterson, Stephens oraz perkusista Prairie Prince zagrali w San Francisco koncert charytatywny, a potem nagrali także kilka nowych kompozycji. Mimo kilku perturbacji, dwa lata później światło dzienne ujrzał krążek „What Doesn't Kill You...”. Jak się później okazało, był to ostatni longplay w historii grupy.
W połowie października 2009 roku, na nowotwór prostaty zmarł Peterson i jak ogłosili pozostali muzycy – umarło też Blue Cheer.
Jimi Hendrix • Steppenwolf • Ten Years After • Danzig • Rush • The Doors • Chuck Berry • The Who • Cream