Album został nagrany i wyprodukowany przez Steve'a Wolda, który w tym czasie dołączył do zespołu. Następnym wydawnictwem był minialbum "Interstate 8", również wydany przez Wolda. W 1997 zespół wydał płytę "The Lonesome Crowded West", która okazała się przełomowym albumem w historii zespołu. Krytycy uznali ten album za jedną z najważniejszych płyt indie rockowych lat 90.
W 2000, wytwórnia Up wydała kolekcję singli i rarytasów pod tytułem "Building Nothing Out of Something". Znalazły się na niej prawie wszystkie pozycje z krążka "Interstate 8", oprócz utworów "Edit the Sad Parts" i "Buttons to Push Buttons".
W roku 2000 przy współpracy z wytwórnią Epic Records Modest Mouse wydali album "The Moon & Antarctica". Zespół odniósł sukces w radiu alternatywnym dzięki singlom "3rd Planet" i "Gravity Rides Everything". Album ten został od razu dobrze oceniony przez krytyków, między innymi zdobywając 9,8 na 10 możliwych punktów w recenzji magazynu internetowego Pitchfork Media. Zespół udostępnił utwór "Gravity Rides Everything" na potrzeby kampanii reklamowej Minivana Nissan Quest. Brock publicznie uznał to za posunięcie komercyjne, ale niezbędne do uzyskania stabilizacji finansowej.
Rok 2001 przyniósł minialbum "Everywhere and His Nasty Parlour Tricks" z przygotowanymi wcześniej kompozycjami, które jednak nie były nigdy publikowane. W 2003 roku zespół opuścił Greek, a na jego miejsce dołączyło dwóch nowych członków - perkusista Benjamin Weikel oraz gitarzysta Dann Gallucci.
Rok później ukazał się czwarty album zespołu "Good News for People Who Love Bad News". Płyta sprzedała się w multiplatynowym nakładzie i przyniosła dwa duże przeboje "Float On" oraz "Ocean Breathes Salty". W tym samym roku Greek wrócił do zespołu, za to Weikel oraz Gallucci, którzy wcześniej przyszli na jego miejsce, odeszli.
W 2007 roku ukazał się album "We Were Dead Before The Ship Evan Sank". Na płycie udzielał się jako kompozytor oraz muzyk były gitarzysta The Smiths Johnny Marr. Ruszył on także z grupą w trasę koncertową. Wydawnictwo przyniosło przebojowe single, z których największą popularność zdobył utwór "Dashboard".