Po kilku latach pracy nad nowymi piosenkami Rage Against The Machine powrócili w 1996 roku z płytą "Evil Empire", która zadebiutowała na pierwszym miejscu na liście albumów Billboard. Wydawnictwo przyniosło grupie duży hit "Bulls On Parade". W następnych latach zespół dużo koncertował, między innymi otwierając występy U2 podczas ich trasy PopMart oraz występując z gościnnym udziałem Wu-Tang Clan.
Kolejnym krążkiem grupy było "The Battle of Los Angeles" z 1999 roku. Płyta zyskała status podwójnej platyny. Pochodzący z tej płyty utwór "Wake Up" został wykorzystany w ścieżce dźwiękowej filmu "Matrix", a innego utworu "Calm Like a Bomb" użyto w drugiej części opowieści "Matrix: Reaktywacja" w 2003 roku.
W październiku 2000 roku wokalista Zack de la Rocha ogłosił, że opuszcza zespół. Zaraz potem wydano płytę "Renegades", która była zbiorem coverów piosenek innych artystów, między innymi Cypress Hill, MC5, czy Boba Dylana. W 2003 roku ukazał się album oraz płyta DVD "Live at the Grand Olympic Auditorium" z zapisem ostatnich koncertów przed rozwiązaniem zespołu z 2000 roku.
Morello, Wilk i Commerford zdecydowali się założyć wspólnie nową formację wspólnie z byłym wokalistą Soundgarden Chrisem Cornellem. Tak powstało Audioslave, które debiutowało w 2002 roku z płytą nazwaną tak, jak zespół. Morello od 2003 roku rozpoczął także karierę solową, tworząc głównie politycznie zaangażowanego folk rocka pod nazwą The Nightwatchman. W tym czasie Zack de la Rocha próbował sił w karierze solowej współpracując między innymi z DJ-em Shadow, czy Trentem Reznorem.
Jednak Rage Against The Machine powrócili. Stało się to w 2007 roku na festiwalu muzycznym Coachella w Stanach Zjednocznonych. I choć muzycy zapowiadali wcześniej, że będzie to jedyny występ, grupa wciąż koncertuje.
Audioslave • Chris Cornell • Soundgarden • U2 • Cypress Hill • Bob Dylan • Serj Tankian • Vademecum • L7 • Natalia Avelon • Tool • Kazik na Żywo • SoShy • Muse • Crystal Method • One Day as a Lion • Velvet Revolver • Atari Teenage Riot • Dealer • Primus • Beastie Boys