W połowie lat 90. gitarzysta dołączył do grupy T. J. Kirk, której nazwa powstała od nazwisk muzyków, których covery grali: Thelonious Monk, James Brown oraz Raahsan Roland Kirk. W latach 1995-96 ukazały się dwa albumy grupy - debiutancki "T. J. Kirk" oraz "If Four Was One". Wkrótce grupa rozpadła się, a Charlie zaczął grać z kolegą z T.J. - Scottem Amendolą piosenki Boba Marleya wydane w 1997 na krążku "Natty Dread". Płyta uważana jest za jedną z najważniejszych w karierze Huntera. Dołączyli do nich saksofoniści Kenny Brooks i Calder Spanier, niestety współpraca nie trwała długo ponieważ Spanier zginął w wypadku samochodowym. Hołd koledze muzycy złożyli nagrywając krążek "Return of The Candyman" dedykowany jego pamięci.
Kolejne lata to czas współpracy gitarzysty z takimi artystami jak Leon Parker, Mike Clark, Norah Jones i Kurt Elling. W 2003 Hunter podpisał kontrakt z nową wytwórnią Ropeadope oraz założył dwie nowe grupy: Charlie Hunter Quintet i Right Now Move. Artysta zaangażował się także w projekt Groundtruther (duet z Bobbym Previte).
Wkrótce ukazały się kolejne albumy muzyka: "Friends Seen and Unseen", "Latitude", "Longtitude" i "Mistico" (2007).