Drugi album zatytułowany „Never, Neverland” został nagrany w 1990 roku, a jego sprzedaż przekroczyła poziom osiągnięty przez bardzo dobry debiut. Przez 2 kolejne lata przez Annihilator przewinęło się kilku kolejnych muzyków, Watersowi udało się jednak zrealizować trzecią płytę „Set The World On Fire”, wydaną w roku 1993. Płyta była bardzo dobrze przyjęta, a grupa odbyła promocyjne tournee po Europie i USA. Rok później ukazała się kompilacja „Bag Of Tricks”, na której znalazły się nagrania z pierwszych dem zespołu, utwory „live”, rzadkie i wcześniej niepublikowane. Krążek „King Of The Kill”, bardziej dynamiczny od poprzednich produkcji, również został wydany w 1994 roku. Podczas sesji nagraniowej Jeff Waters zagrał na wszystkich instrumentach. W latach 90. na rynek trafiły jeszcze dwa albumy studyjne: „Refresh the Demon” (1996), „Remains” (1997) oraz koncertowy „In Command” (1996, zarejestrowany w 1989 i 1990 r.). Zespół odbył również kilka promocyjnych tras po Europie i Japonii.
Już w XXI wieku Annihilator koncertował i wydawał albumy bardzo regularnie. Do roku 2010 do sklepów trafiło 7 płyt studyjnych, kolejno: „Criteria for a Black Widow” (2000), „Carnival Diablo” (2001), „Waking the Fury” (2002), „All for You” (2004), „Schizo Deluxe” (2005) oraz „Metal” (2007) i „Annihilator". Przyjęcie poszczególnych płyt było dość zróżnicowane, podobnie jak muzyczny charakter produkcji – od bardzo dobrych („Waking...”, „Schizo...”, „Metal”) do raczej przeciętnych („All for You”).
Podczas trasy promującej album „Waking The Fury”, grupa zarejestrowała materiał na płytę koncertową zatytułowaną „Double Live Annihilation”, wydaną w 2003 roku. Rok później ukazała się kompilacja „The Best Of Anihilator”, a w roku 2006 – płyta DVD „Ten Years in Hell”, zawierająca niemal 4 godziny materiału dotyczącego grupy – zdjęcia, klipy, fragmenty koncertów i historię Annihilator opowiedzianą przez jej lidera – Jeffa Watersa.