Każdy z muzyków, próbował amatorsko swoich sił w pracy studyjnej. Panda i Deakin rzucili szkołę i przeprowadzili się w 2000 roku do Nowego Jorku. Avey i Panda zaczęli grać w lokalnych klubach. Szybko do zespołu dołączył Geologist.
Większość z materiału zarejestrowanego w tamtym czasie trafiło na wydane w lipcu 2001 roku wydawnictwo „Danse Manatee”.
Pierwsze tournee Animal Collective odbyło się w 20002 roku, wspólnie z zaprzyjaźnionym Black Dicem. W tym samym roku ukazało się dokumentujący je krążek – „Hollinndagain”, wydany w limitowanej serii 300 kopii, jedynie w wersjach winylowych. Wśród fanów to prawdziwy rarytas i przysłowiowy „biały kruk”. Cztery lata później wydano jego reedycję na CD.
Od tego miejsca zaczęła się współpraca Deakina z zespołem. Następny longplay „Campfire Songs” pojawił się w 2003 roku. W części – materiał nawiązywał do doświadczeń muzyków z przeszłości.
Panowie postanowili wymyślić jakąś nazwę dla zespołu – wybór padł na Animal Collective. Dało to członkom formacji możliwość pracowania w różnych kombinacjach od dwóch do czterech muzyków – w zależności od chęci i nastroju.
Pierwszą płytą wydaną pod tą nazwą był album „Here Comes the Indian” z 2003 roku. Wypuściła ją wytwórnia Paw Tracks – artyści mieli pełny wpływ na to co ma się ukazać. Album w pełni prezentował energetyczne oblicze grupy, które objawiało się na koncertach.
Oba wydawnictwa z 2003 roku wzbudziły zainteresowanie wytwórni FAT Cat Records, która wkrótce postanowiła przypomnieć wcześniejsze płyty – „Spirit” i „Danse Manatee”. Wydała je w formie dwupłytowego albumu.
Następnie Avey i Panda postanowili zacząć komponować materiał na nową płytę. Występowali często jako duet grając tylko na akustycznych gitarach i pojedynczym bębnie, używając gdzieniegdzie różnych efektów aranżacyjnych. Występowali przed Múm i Four Tet. Ogrywali wtedy nowy materiał, aby wydać go później jako „Sung Tongs” w 2004 roku.
Wkrótce udało im się nawiązać współpracę z folkową wokalistką Vashti Bunyan, co zaowocowało nagraniem przez nią wokali do trzech utworów wydanych później na EPce „Prospekt Hummer”.
W październiku 2005 roku Animal Collective wydali swój siódmy album „Feels”, który został bardzo ciepło przyjęty przez krytykę i fanów. Po wydaniu płyty ruszyli w największą trasę koncertową na jesieni 2006 roku, odwiedzając między innymi Australię i Nową Zelandię. Zagrali również na festiwalach w Reading i Leeds.
Podczas trasy grali również premierowe nagrania, które później znalazły się na kolejnej płycie, zatytułowanej „Strawberry Jam”. Album został udostępniony online 4 lipca 2007 roku, a do normalnej sprzedaży trafił 11 września. Muzyka w dużej mierze oparta była na wokalach.
20 marca 2007 roku Panda Bear wydał swój solowy album zatytułowany „Person Pitch”. Promowała go seria EPek i singli, na czele z „I’m Not”. Płyta została uznana albumem roku przez Pitchfork Media.
27 kwietnia Avey Tare opublikował wspólnie ze swoją żoną Krią Brekken płytę „Pullhair Rubeye”.
Na trasie koncertowej w 2007 i 2008 roku muzycy przypominali swoje starsze utwory w całkowicie nowych aranżacjach. Bardzo często grali swoiste medley składające się z kilku nagrań.
12 marca 2008 roku na rynku pojawiła się kolejna EPka grupy zatytułowana „Water Curses”.
Wciąż jako trio, zespół wszedł na początku 2008 roku do studia by nagrać materiał na kolejną płytę. Album „Merriveather Post Pavilion” ukazał się 6 stycznia 2009. Niektóre pisma muzyczne określiły go mianem płyty roku jeszcze przed jej wydaniem.
Obecnie grupa pracuje wraz z Dannym Perezem nad filmem. Ma on być ilustracją muzyki zespołu. Sami członkowie określają to przedsięwzięcie jako najbardziej eksperymentalne z dotychczasowych.
Múm • Four Tet • Pantha du Prince • High Places • Indigo Tree • Ecstatic Sunshine