Szerszy oddźwięk w metalowym środowisku zyskała trzecia płyta Symphony X – wydana w 1997 roku „The Divine Wings of Tragedy”. Na krążku znalazły się charakterystyczne dla grupy, długie – progresywne i epickie kompozycje oraz ostrzejsze utwory zawierające elementy symfoniczne. W 1998 roku do sklepów trafił album „Twilight in Olympus”, a grupa wyruszyła w swoje pierwsze światowe tournée. W zespole nastąpiło w międzyczasie kilka zmian personalnych: W miejsce basisty Thomasa Millera pojawił się Michael Lepond. Na krótko grupę opuścił też perkusista Jason Rullo.
W 2000 roku na rynku pojawił się concept album „V: The New Mythology Suite” – poświęcony mitowi o Atlantydzie. Z kolei rok później fani otrzymali koncertową płytę „Live on the Edge of Forever”, zarejestrowaną w Paryżu, podczas europejskiej trasy zespołu. „The Odyssey” – płyta, na której znalazły się nawiązania do „Odysei” Homera wydana została w roku 2002. W kolejnych latach aktywność Symphony X nieco osłabła, na co wpływ miały projekty solowe, którym poświęcili się muzycy zespołu - Michael Pinnella (album „Enter by the Twelfth Gate”) i Russell Allen (wspólny projekt z Jornem Lande).
W roku 2005 Symphony X wspólnie z Megadeth, Anthrax, Nevermore i Dream Theater zagrało serię koncertów podczas pierwszej edycji trasy Gigantour, produkowanej przez Dave’a Mustaine. Ostatnia studyjna produkcja grupy - oparty na powieści Johna Miltona „Raj Utracony” - concept album „Paradise Lost” trafił na sklepowe półki w 2007 roku. W ramach trasy promującej tę płytę, Symphony X po raz pierwszy wystąpiło w Polsce. Koncert odbył się na warszawskim Torwarze, a gwiazdą wieczoru była amerykańska formacja Dream Theater.
W 2011 roku ukazał się kolejny album zespołu, dwupłytowy "Iconoclast".
Jorn • Megadeth • Anthrax • Nevermore • Dream Theater • Circus Maximus • Darkwater