Kolejny album „Do You Want More?!!!??!” nagrali w styczniu 1995 roku, z pominięciem ścieżek hip – hopowych. Wyprodukowali go bez ani jednego sampla! Zamiast tego – na krążku słychać o wiele więcej alternatywnych przejść w utworach. Znalazł się w zestawieniu Top 100, niestety przez fanów został prawie zupełnie zignorowany.
Zespół niezrażony komercyjnym niepowodzeniem udał się na Montreux Jazz Festival do Szwajcarii, a dwaj współpracujący przy nagrywaniu ostatniego albumu - Rahzel the Godfather of Noyze oraz Scott Storch zostali przyjęci do grupy na Rawach stałych członków.
Na początku 1996 roku nagrali „Clones” – singiel promujący i zapowiadający drugi album. We wrześniu wydali krążek „lladelph Halflife”, który zadebiutował na 21 miejscu zestawienia najlepiej sprzedających się albumów. W warstwie brzmieniowej dokonano wielu poprawek – podstawowym brzmieniem znów był rap oraz zasamplowane nagrania z jam sessions.
Ich trzeci album – „Thing Fall Apart” (1999) jest bez wątpienia ich największym komercyjnym sukcesem! Krytycy ogłosili walny powrót The Roots na scenę muzyczną, na której przecież formacja była nieprzerwanie od kilku lat!
Długo oczekiwany kolejny longplay „Phrenology” grupa nagrała dopiero w listopadzie 2002 roku. Był to równocześnie koniec współpracy z wytwórnią MCA, która nie mogąc doczekać się wydania krążka zerwała współpracę. Zespół wziął sprawy w swoje ręce powołując w 2004 roku firmę Okayplayer odpowiedzialną za produkcję i promocję. W tym samym roku The Roots dali całą serię jam sessions, które posłużyć miały jako materiał na kolejny krążek.
W ten sposób powstał w lipcu 2004 roku „The Tipping Point”.
W tym samym roku wielki koncert zagrany na Manhattanie ze specjalnym udziałem Mobb Deepa, Younga Gunza i Jean Grae - wydano na początku 2005 roku na CD i DVD.
Rok później nagrali „Game Theory” a w 2008 roku „Rising Down”.
Macy Gray • Ursula Rucker • Michael Makai • George Dorn Screams • Al-Fatnujah • SoShy • Erykah Badu • The Dandy Warhols • Crystal Method • K'Naan • Pink • Joss Stone • Amy Winehouse