Już po wydaniu płyty grupę opuścił basista Przemysław Bieliński, w którego misje pojawił się Filip „Heinrich” Hałucha (m.in. Vesania, UnSun). W nowym składzie zespół rozpoczął prace nad następcą „Under”. W 2005 roku ukazała się limitowana do tysiąca egzemplarzy EP-ka „The Legend of Hava Nagila by Rootwater”, na której znalazły się remixy utworu „Hava Nagila”. Remiksy wykonali m.in. Bogdan Kondracki, czołowy polski producent (Krawczyk, Ania Dąbrowska, Smolik) oraz muzycy zespołu Agressiva 69.
W 2007 roku, już dla wytwórni Mystic Production, ukazał się drugi album grupy pt. „Limbic System”. Wtedy też Rootwater ruszył w trasę koncertową po Polsce w towarzystwie Hunter, Frontside i Virgin Snatch, grupa wystąpiła także na Mystic Festival, dzieląc scenę z Celtic Frost, Behemoth i Slayer, jak również m.in. na Przystanku Woodstock obok Type O'Negative i Acid Drinkers.
W 2008 roku, w miejsce Artura Rowińskiego do zespołu dołączył perkusista Paweł „Paul” Jaroszewicz”. Zaraz po nagraniach materiału na trzecią płytę, muzyk opuścił Rootwater. W styczniu 2009 zastąpił go Grzegorz Olejnik. W tym samym czasie Michała Truonga, zastąpił nowy gitarzysta - Marcin „Valeo” Walenczykowski (Vesania).
„Visionism” – trzecia studyjna płyta w dorobku Rootwater została zarejestrowana przy współudziale ukraińskich muzyków folk rockowych z grupy Haydamaky. Album trafił do sklepów w połowie czerwca 2009 r.
Nagranie pt. "Born Again" znalazło się na wydanej z końcem 2007 roku płycie z muzyką zainspirowaną światem Wiedźmina, bohatera powieści fantasy Andrzeja Sapkowskiego.
Haydamaky • Virgin Snatch • UnSun • Frontside • Agressiva 69 • Hunter • Slayer • Type O'Negative • Acid Drinkers • CO.IN. • Black River