Pierwszą EP-kę, zatytułowaną po prostu „Bad Religion” zespół wydał w 1981 roku. Rok później ukazał się ich debiutancki album „How Could Hell Be Any worse?”. Podczas nagrywania płyty ze składu odszedł Jay Ziskrout, a jego miejsce zajął Peter Finestone.
W 1983 roku grupa wydała zorientowany na klawiszowe brzmienia longplay utrzymany w stylistyce progresywnego rocka, zatytułowany „Into the Unknown”, który fani zespołu przyjęli z niezadowoleniem. Cały nakład albumu, wynoszący 10 000 kopii został wyprzedany z magazynów byłej dziewczyny Gurewitza, Suzy Shaw (właścicielki Bomp Records), gdzie były przechowywane. Obecnie krążek jest rarytasem dla kolekcjonerów, a jego cena dochodzi do 100 dolarów. W tym samym roku dwa nagrania zespołu: „Every Day” i „Waiting For The Fire”, trafiły na składankę „The Sound Of Hollywood, Vol. 2”, wydaną przez Mystic Records. Nagrania utrzymane w klimacie wydanego niedawno albumu zostały specjalnie skomponowane dla potrzeb wydawnictwa. W 1984 roku Greg Heston z Circle Jerks (zagrał gościnnie solo w utworze „Part III” na debiutanckim albumie grupy), wspólnie z Graffinem nagrał dla potrzeb filmu „Desperate Teenage Lovedolls” piosenkę „Running Fast”. Muzyk później zastąpił Gurewitza w zespole, kiedy ten leczył się z uzależnienia od narkotyków.
W 1985 roku zespół powrócił mini albumem „Back to the Known” powracając do brzmień z pierwszej płyty, jednak wkrótce potem rozwiązał się. W tym samym roku Gurewitz wydał utrzymaną w klimacie psychodelii EP-kę „The Seeing Eye Gods”.
Zawieszenie działalności nie trwało długo. Już rok później Graffin zaproponował Bentley’owi reaktywację zespołu. Muzyk początkowo niechętny, po zagraniu jednego koncertu postanowił zostać, gdyż świetnie się bawił, grając stary materiał. Dołączyli do nich - wyleczony Guerwitz, Finestone i Greg Hetson. W takim składzie grupa wydał a w 1988 roku płytę „Suffer”, która jak nieoficjalnie mówiono, uratowała przed upadkiem punkową scenę południowej Kalifornii. Podczas trasy koncertowej promującej płytę zespół pracował nad nowym materiałem. Ma początku 1989 roku weszli do studia, czego efektem był krążek „No Control”, który rozszedł się w ilości ponad 50 tysięcy kopii. Pomimo braku mainstreamowego sukcesu, zespół zaczął być postrzegany przez krytyków w kategorii jednego z najważniejszych, grających hardcore punk. Kolejną płytą była utrzymana w klimacie poprzedniczki „Against the Grain” wydana w 1990 roku. Osiągnęła sprzedaż przekraczającą 100 tysięcy sztuk. Pochodził z niego utwór „21st Century (Digital Boy)” – jedno z najbardziej rozpoznawalnych nagrań zespołu.
W 1991 roku z zespołu odszedł Finestone, aby skupić się na działalności swojej nowej grupy The Fishermen. Jego miejsce zajął Bobby Schayer. Z nowym perkusistą muzycy wydali w marcu 1992 roku album „Generator”. Większość materiału została nagrana na tak zwaną „setkę”, ponieważ udało się zgromadzić wszystkich muzyków w studio w tym samym czasie. Płytę promował pierwszy w historii zespołu - teledysk - do piosenki „Atomic Garden”. Był też ich pierwszym singlem. Aby zdyskontować sukces, zespół wypuścił na rynek pierwsze kompilacyjne wydawnictwo „80-85”, w skład którego weszły obie wydane wcześniej mini albumy, a także debiutancki album oraz płytę z trzema nagraniami z EP-ki „Public Service”.
Kiedy w 1993 roku alternatywny rock i grunge zaczęły zyskiwać ogólnoświatową popularność, formacja zmieniła wytwórnię z Epitaph na Atlantic Records i ponownie wydał swój siódmy studyjny krążek „Recipe for Hate”. Pomimo skrajnych recenzji zespół osiągnął mainstreamowy sukces – płyta zadebiutowała na 14. miejscu listy Billboard Heatseekers. Utwory - „American Jesus” i „Struck a Nerve” stały się przebojami w rozgłośniach radiowych. W tym samym roku zespół nagrał utwór „Leaders and Flowers” do filmu Kevina Smitha „Clerks”. Kolejnym wydawnictwem było „Stranger Than Fiction” z 1994 roku – jedyne, które osiągnęło status złotej płyty (sprzedaż powyżej 500 tysięcy sztuk). Znalazły się na nim przebój „Infected” oraz nowa wersja „21st Century (Digital Boy)”. Tuż przed wydaniem albumu zespół opuścił Gurewitz. Jako powód podał, że potrzebuje więcej czasu na poświęcenie się działalności wytwórni Epitaph (grupa Offspring odniosła właśnie niespodziewany sukces krążkiem „Smash”). Ponadto muzyk oskarżył kolegów o „sprzedanie się”, tymczasem sam zarobił miliony na sukcesie Offspring.
W związku z narastającym napięciem w zespole, Graffin zmieniał na koncertach tekst w utworze „Stranger Than Fiction” z „I want to know where Brett Get his crack” na „I want to know why Gurewitz Cracked”, opisując uzależnienie Gurewitza od narkotyków. Brett opisywał swoje uzależnienie w dokumencie „Along The Way” i mówił, że obecnie jest już „czysty.” Gurewitz w odpowiedzi nagrał utwór „Hate You” ze swoim nowym zespołem The Daredevils, skierowanym w stronę Jay’a Bentley’a. Tymczasem na miejsce Gurewitza do zespołu przyjęto Briana Bakera – byłego muzyka Minor Threat i Dog Nasty.
Bez jednego z dwóch głównych twórców repertuaru w składzie zespół nagrał trzy kolejne albumy. Pierwszy z nich, zatytułowany „The Gray Race” ukazał się w 1996 roku. Płyta przeszła w USA niemalże bez echa, jednak udało jej się odnieść niewielki sukces w Europie – głównie w Niemczech (6. miejsce na listach przebojów) i Skandynawii (status złotej płyty). Sukcesu nie powtórzyli jednak albumem „No Substance” z 1998 roku, źle przyjętego zarówno przez fanów jak i krytyków. Na szczyt wrócili dopiero płytą „The New America”, wydaną dwa lata później.
W 2001 roku Gurewitz wrócił do zespołu, którego skład powiększył się w ten sposób do sześciu osób. W następnym roku wydali płytę „The Process of Belief”, a w 2004 roku „The Empire Strikes First”. Oba krążki zostały ciepło przyjęte prze krytyków i fanów, którzy ucieszyli się z powrotu muzyka do składu. Ponadto formacja wydała reedycje kilku swoich wcześniejszych płyt, przy okazji specjalnie cyfrowo zremasterowanych. Pięć lat później ukazało się wydawnictwo koncertowe na DVD „Live at the Palladium” z zapisem koncertu z 2004 roku. Niedługo potem Graffin wypuścił na rynek swoją drugą solową płytę - „Cold ad the Clay”.
Czternastym i jak na razie ostatnim albumem grupy był wydany na początku lipca 2007 roku „New Maps of Hell”. Sprzedaż płyty rozpoczęła się jednak kilka dni wcześniej, bo pod koniec czerwca w dniu 46. urodzin Hetsona, podczas koncertu w Pomona w Kalifornii. Pochodzą z niego dwa przeboje – „Honest Goodbye” oraz „New Dark Ages”. Longplay odniósł komercyjny sukces docierając do 35. miejsca na liście Billboard 200 i jest to najwyższa w historii grupy.
Tymczasem Hetson założył supergrupę Black President, w skład której weszli także - Charlie Paulson (Goldfinger), Jasno Christopher i Wade Youman (obaj z Unwritten Law) i Christian Martucci (Dee Dee Ramone).
W 2008 roku zespół zagrał na kilku festiwalach po obu stronach oceanu. W lipcu ukazała się limitowana edycja ich ostatniej płyty, poszerzona o siedem akustycznych nagrań duetu Griffin/Gurewitz oraz bonusowe DVD. W tym samym czasie, podczas koncertu w San Diego muzycy złożyli autografy na gitarze marki Gibson, która została przekazana fundacji Music Saves Lives.
W 2009 roku Gurewitz oświadczył, że pisze nowy materiał na płytę, która ma ukazać się w 2010 roku.
Znani ze stosowania dziwnych wokalnych harmonii i słownictwa, które sami określają jako „oozin aahs”. Ich teksty to refleksja na temat własnych przeżyć. Poruszają w nich kwestie odpowiedzialności społecznej. Grupa znana jest również z negowania wszelkich form zorganizowanej religii. Jay Bentley przyznaje się do bycia wierzącym, natomiast Gurewitz jest deistą. Muzyka zespołu wielokrotnie była wykorzystywana w filmach i grach komputerowych. W 2007 roku radio KROQ umieściło Bad Religion na 39. pozycji najważniejszych zespołów wszechczasów.
Minor Threat • Circle Jerks • The Ramones • Black Flag • Sex Pistols • Elvis Costello • The Jam • Offspring • The Clash • Rancid • One Day as a Lion • Skunk Anansie