Schodzą się ponownie w 1986 roku by nagrać album „I Against I”, będący dla wielu wyznacznikiem ich stylu i szczytowym osiągnięciem zespołu. W dalszym ciągu wydawnictwo pełne było piosenek zagranych na niezwykle szybkim i agresywnym tempie, przeplatały się one jednak z wolniejszymi i cięższymi tempami, oraz reggae’ową pulsacją. Także na tym krążku Dr. Know wypracował swój charakterystyczny styl gry, który przypominał nieco bardziej punkowego Eddiego Van Halena. W 1987 roku mimo sukcesu „I Against I” zespół postanowił po raz kolejny zawiesić działalność.
W 1989 roku muzycy nagrali jeszcze jeden album w klasycznym składzie, „Quickness”, na którym dominowały jeszcze cięższe, niż na ostatniej płycie brzmienia, czerpiące wiele z metalu, oraz powrót do czystych rytmów reggae. Po wydaniu tego krążka różnice pomiędzy H.R. oraz jego młodszym bratem, Earlem Hudsonem, a resztą zespołu wzięły górę nad interesem zespołu. Bracia chcieli kontynuować działalność na scenie stricte reggae roots, a Dr. Know i Darryl Renifer inspirowali się wówczas głównie heavy metalem. Skutkiem tego było odejście H.R. i Hudsona z zespołu w 1990 roku.
W 1993 roku, po tym jak grupy mocno inspirujące się twórczością Bad Brains (Living Colour, Fishbone) odniosły duży komercyjny sukces, Dr. Know dostał od Epic Records ofertę lukratywnego kontraktu płytowego. H.R. i Hudson nie byli zainteresowani ponownym zejściem się zespołu, więc Dr. Know, wraz z Jeniferem dokooptowali do składu byłego perkusistę Cro-Mags Mackie Jayson’a oraz wokalistę Israel Joseph I. Wspólnie muzycy nagrali album „Rise”, który był mieszanką jazzu, punku, reggae, popu, funku i rocka oraz z pewnością najbardziej zróżnicowanym albumem w historii grupy. Mimo to wyniki sprzedaży nie były zbyt dobre, a prasowe recenzje zbyt zachęcające, więc Israel i Jayson zostali zwolnieni by zrobić miejsce na powrót H.R. i Hudsona.
Nagrana w 1995 roku, w klasycznym składzie, płyta zawierał więcej reggae, niż którekolwiek z dotychczasowych wydawnictw Bad Brains. Muzykom nie dane było jednak długo występować razem. Podczas koncertu w Lawrence, Kansas, H.R. wdał się w bójkę z członkiem publiki należącym do skrajnie prawicowego ruchu skinheadów. Podczas tej samej trasy H.R. zaatakował też managera grupy łamiąc mu nos, oraz swojego brata Earla tuż przed wspólnym występem z Beastie Boys. Po tych incydentach grupa po raz kolejny podjęła decyzję o rozstaniu.
Muzycy chodzili się w kolejnych latach dwukrotnie w celu zremasterowania i reedycji swoich starszych wydawnictw, oraz wypuszczenia albumu koncertowego w 2000 roku. Płyta ta nosi tytuł „A Bad Brains Reunion Live from Maritime Hall”.
W 2002 roku ukazała się kolejna płyta Bad Brains w składzie Hudsonem. „I & I Survived” to album niemal w całości wypełniony instrumentalnym roots reggae i dubem, a H.R. pojawia się w kilku utworach jedynie w postaci sampli z poprzednich płyt zespołu. W 2004 roku raper Lil’ Jon, fan Bad Brains od wielu lat, zaprosił Dr. Know, Jenifera i Hudsona do nagrania wspólnie drugiej wersji jego singla „Real Nigga Roll Call”, która znalazła się jako bonus do limitowanej edycji albumu rapera o tytule „Crunk Juice”.
W 2006 roku grupa zeszła się w pełnym składzie by zagrać dwa koncerty w słynnym nowojorskim klubie CBGB. Bilety na oba występy wyprzedano w rekordowym czasie, a zespół zdecydował się zagrać jeszcze jeden koncert, aby zadowolić fanów. Zachęceni tym sukcesem członkowie zespołu zdecydowali się wydać pierwszy od ponad 10 lat album w klasycznym składzie. „Build A Nation” została wydana w 2007 roku i z miejsca zadebiutowała na 100. miejscu listy Billboard 200, co zaskoczyło tak muzyków jak i fanów grupy. Płyta zebrała pochlebne recenzje w mediach, a zarówno Dr. Know jak i H.R. zapowiedzieli, że planują liczne trasy koncertowe oraz nagrywanie kolejnego albumu. W sierpniu, na ich oficjalnej stronie, pojawił się klip do utworu „Give Thanks and Praises”, a dwa miesiące później muzycy ruszyli w europejską trasę koncertową.
W styczniu następnego roku grupa poinformowała, że pracuje nad boxem zawierającym single, wydane na winylach. Niedługo potem ruszyli w trasę po Ameryce Południowej, w której towarzyszył im Israel Joseph I .
Z ostatnich informacji wynika, że muzycy planują na wiosnę 2010 roku nowe koncerty.
Sex Pistols • The Cars • Beastie Boys • Minor Threat • Black Flag • The Clash • Kim Nowak • N.E.R.D.