Danuta Szaflarska urodziła się 6 lutego 1915 roku (w jej dokumentach jako oficjalna podawana jest jednak data 20 lutego) we wsi Kosarzyska koło Piwnicznej. Wybierając studia, najpierw myślała o medycynie, potem o handlu. Dopiero później, za namową kolegów, zdecydowała się na aktorstwo. Zdała do Państwowego Instytutu Sztuki Teatralnej.
Po studiach rozpoczęła karierę artystyczną w Teatrze na Pohulance w Wilnie. W ciągu dwóch lat zagrała tam ok. dwudziestu ról, od klasyki po obyczajowe komedie. W późniejszych latach, do czasu wojny występowała w Teatrze Podziemnym oraz w Teatrze Frontowym Armii Krajowej. W powstaniu warszawskim była łączniczką.
Danuta Szaflarska po wojnie przez rok grała w Starym Teatrze w Krakowie, a następnie w Teatrze Kameralnym w Łodzi. W 1949 roku przeniosła się do Warszawy, gdzie do 1957 roku występowała w Teatrze Współczesnym, a potem w Narodowym. Od 1966 do emerytury pracowała w Teatrze Dramatycznym. Później gościnnie występowała na niemal wszystkich warszawskich scenach. W dorobku ma około stu teatralnych ról, m.in. w spektaklach w reżyserii Erwina Axera, Macieja Englerta, Agnieszki Glińskiej.
Jako aktorka filmowa popularność zdobyła zaraz po wojnie – za sprawą ról w „Zakazanych piosenkach” i „Skarbie”. Po udziale w komediach Buczkowskiego Szaflarska występowała m.in. w „Ludziach z pociągu” Kazimierza Kutza, serialu „Lalka” Ryszarda Bera, „Dolinie Issy” Tadeusza Konwickiego, „Korczaku” Andrzeja Wajdy, „Diabłach, diabłach” czy „Pora umierać” Doroty Kędzierzawskiej oraz „Pożegnaniu z Marią” Filipa Zylbera.
W 2008 r. Szaflarska wystąpiła w komedii Juliusza Machulskiego „Ile waży koń trojański?” i filmie „Jeszcze nie wieczór” Jacka Bławuta, a rok później w „Janosiku. Prawdziwej historii” Agnieszki Holland i Kasi Adamik. W 2012 roku można ją było zobaczyć w "Pokłosiu" Władysława Pasikowskiego i poświęconym jej własnej biografii dokumentalnym „Innym świecie”.
W 2014 roku aktorka wystąpiła w zekranizowanej sztuce Doroty Masłowskiej – „Między nami dobrze jest”, a rok później w węgierskim filmie „Mama i inne cudaki z naszej rodziny”, który jest ostatnim filmem w jej dorobku.
