Kaplica Zbawiciela, św. Teodora i Wszystkich Świętych, w której pracowali archeolodzy, znana jest jako kaplica Szembeka. Wzniesiona została na planie kwadratu i zakryta kopułą, na wzór i podobieństwo renesansowej grobowej kaplicy Zygmuntowskiej na Wawelu. Wybudowano ją jako oratorium relikwiarzowe z konfesją św. Teodora i jako grobowiec rodziny biskupa Szembeka.
Biskup warmiński Krzysztof Andrzej Jan Szembek zmarł w 1740 roku. W swoim testamencie prosił o pochowanie go w podwójnej trumnie. Badania archeologów potwierdziły, że jego woli dotrzymano. Zewnętrzna trumna jest ołowiano-cynowa, a wewnętrzna drewniana. Dodatkowo owinięta jest z każdej strony suknem. Natomiast nie potwierdziła się legenda, że w tej krypcie pochowany jest żołnierz Armii Czerwonej.
Oprócz fundatora w krypcie Szembeka nie spoczął nikt więcej z tej rodziny. Stała się ona jednak grobowcem późniejszych ordynariuszy warmińskich od połowy XIX wieku, kiedy stolicę diecezji po ponad 500 latach przeniesiono z Lidzbarka do Fromborka. Spoczęli tam kolejni biskupi: A. Hatten, J. Geritz, A. Thiel, A. Bludau oraz kanonik A. Ossoliński.
W archikatedrze we Fromborku tajemnic do odkrycia jest jeszcze sporo. Na badania oczekuje m.in. krypta biskupów warmińskich z XVI wieku, gdzie pochowany jest biskup Łukasz Watzenrode, wuj Mikołaja Kopernika.
