W 1996 roku zespół wydał płytę pt. "Ænima" i zadedykował ją znanemu, zmarłemu satyrykowi Billowi Hicksowi. Rok 1997 to czas konfliktu z dotychczasową wytwórnią grupy, Volcano Records, powodem której było założenie przez Keenana innej formacji muzycznej o nazwie A Perfect Circle, przez co wytwórnia zerwała kontrakt z Toolem. Żeby uciąć spekulacje o rozpadzie zespołu, w 2000 roku wyszedł box "Salival", a rok później "Lateralus", gdzie znalazł się, nagrodzony Grammy, kawałek "Schism". Dyskografię płyt studyjnych zamyka krążek "10 000 Days", wydany w 2006 roku.
Tool wystąpił w Polsce na pięciu koncertach, ostatni z nich odbył się w ramach Metal Hammer Festiwal 12 sierpnia 2007 roku.
A Perfect Circle • Rage Against The Machine • Hoobastank • Dir en Grey • CANDIDA • SoundQ • Vademecum • Silverchair • Oceansize • Under Construction • Riverside • Jacek Bończyk • PROGHMA-C • Ringo Starr • Creed • Minor Threat • Meshuggah • Coheed And Cambria • Soulfly • Pendulum • Electric Sheep