Zespół w składzie: Maynard James Keenan na wokalu, Billy Howerdel (gitara), Paz Lenchantin (bas) oraz gitarzysta Troy Van Leeuwen (były członek Failure i Enemy, obecnie Queens of the Stone Age) i perkusista Josh Freese (eks-Vandals i Guns N' Roses) - wystąpił po raz pierwszy 15 sierpnia 1999 roku w Los Angeles.
Howerdel, który od lat komponował i pracował z takimi gwiazdami alternatywnej sceny jak Smashing Pumpkins i Nine Inch Nails, został głównym autorem materiału i producentem A Perfect Circle.
Grupa w roku 2000 wydała swój pierwszy album "Mer de Noms". Po odejściu basistki i gitarzysty do grupy dołączyli Jeordie White (eks-Marilyn Manson, obecnie Nine Inch Nails) oraz James Iha (eks-Smashing Pumpkins). Kolejna płyta, "Thirteenth Step", ukazała się trzy lata później, a w roku 2004 światło dzienne ujrzał krążek z coverami antywojennych utworów - "Emotive".
W kwietniu 2006 roku Maynard James Keenan powiedział o zespole: Sądzę, że to już skończona sprawa, co w praktyce oznacza zawieszenie lub zakończenie działalności grupy.
Smashing Pumpkins • Tool • Queens Of The Stone Age • Guns N' Roses • Nine Inch Nails • Marilyn Manson • Skunk Anansie