Na wydanej dwa lata później płycie „Meat Puppets II” zespół zaczął eksperymentować z acid rockiem i country, stając się jedną z najważniejszych grup w wytwórni SST. Stali się pionierami stylu cow punk.
W 1995 roku ukazał się kolejny album. „Up on the Sun”, którego folk-rockowe brzmienie przywodziło na myśl dokonania The Byrds. Fani oskarżyli grupę o odejście od punkowych korzeni. W związku z niekonwencjonalnym podejściem muzyków do nagrywania, cała płyta została zaśpiewana nie w tonacji.
Przez całą następną dekadę grupa pozostała w wytwórni SST nagrywając dla niej serię płyt. Pomiędzy dużymi trasami koncertowymi grupa występowała w małych barach w rejonie Phoenix. Po wydaniu płyty „Out My Way” w 1986 roku zespół musiał zawiesić koncertową działalność, gdyż Curt złamał palec, przytrzaskując go w drzwiach samochodu. Spowodowało to również przesunięcie wydania kolejnej płyty o rok. Psychodeliczny album „Mirage” ukazał się w 1987 roku i uznawany jest za jeden z najbardziej dopracowanych w historii grupy jeśli chodzi o brzmienie.
Niecałe pół roku później ukazała się cięższa płyta zatytułowana „Huevos”, surowo brzmiąca, nagrana praktycznie za pierwszym podejściem z małą ilością nakładek i poprawek w ciągu kilku dni.
Na kolejnym krążku, zatytułowanym „Monsters” z 1989 roku, znalazły się dłuższe kompozycje, swoiste jam session, takie jak „Touchdown King" i „Flight of the Fire Weasel". Była to ostatnia płyta nagrana dla SST. Następnie zespół podpisał kontrakt z wytwórnią London Records, dla której nagrał płytę „Forbidden Places” (nakład płyty został wyprzedany i krążek jest już niedostępny).
W 1993 roku Kurt Cobain z zespołu Nirvana zaprosił Crisa i Curta, aby wystąpili razem z nim podczas koncertu unplugged dla MTV, gdzie wykonali trzy utwory z repertuaru Meat Puppets: „Plateau”, „Oh Me” i „Lake of Fire”. Pomogło to osiągnąć Puppetsom komercyjny sukces. W 1994 roku grupa wydała kolejny album, zatytułowany „Too High To Die”, z którego pochodził ich największy przebój „Backwater”. Krążek osiągnął status złotej płyty.
W 1995 roku ukazał się ostatni longplay nagrany w oryginalnym składzie – „No Joke!”. Muzycy zawsze mieli skłonność do nadużywania narkotyków. Cris uzależnił się od heroiny i praktycznie przestał ruszać się ze swojego domu w innym celu niż zdobycie nielegalnych środków. W jego mieszkaniu w Tempe w wyniku przedawkowania zmarl jego najlepszy przyjaciel wraz z żoną.
Derrick nagrał solową EP-kę pod pseudonimem Today’s Sounds w 1996 roku, a trzy lata później podjął decyzję o wydaniu reedycji pierwszych siedmiu albumów Meat Puppets oraz pierwszego koncertowego wydawnictwa „Live In Montana” w wytwórni Rykodisc.
Curt założył nowy zespół w Austin w Teksasie, który przyjął nazwę Royal Neanderthal Orchestra, który wkrótce przemianował na Meat Puppets. Skład zespołu uzupełniali Kyle Ellison (wokal, gitara), Andrew Duplantis (wokal, bas) i Shandon Sahm (perkusja). Już pod nową starą nazwą wydał Epkę „You Love Me” w 1999 roku, a rok później cały album „Golden Lies”. W 2002 roku ukazała się koncertowa płyta zatytułowana „Live”. Następnie zespół rozwiązał się, a Curt wspomógł w nagraniach zespoły Eyes Adrift i Volcano oraz nagrał solowy krążek „Snow”.
W 2003 roku Cris został aresztowany za zaatakowanie strażnika urzędu pocztowego w Phoenix. Ten postrzelił muzyka w brzuch, przez co Cris nabawił się poważnych problemów zdrowotnych i trafił na stół operacyjny. Sąd skazał muzyka na więzienie, z którego wyszedł w lipcu 2005 roku.
24 marca 2006 roku Curt Kirkwood zamieścił pytanie na swojej stronie MySpace, czy zespół Meat Puppets powinien reaktywować się w oryginalnym składzie. Fani entuzjastycznie przyjęli informację o reaktywacji grupy. Jednak post zamieszczony przez Bostroma na forum zdementował informację o takiej możliwości.
W kwietniu 2006 roku Billboard doniósł, że bracia Kirkwood zamierzają reaktywować grupę bez Bostroma. Jego miejsce początkowo miał zająć Tim Alexander z grupy Primus, a finalnie przypadło ono Tedowi Marcusowi. W takim składzie trio nagrało album „Rise to Your Knees”, który ukazał się w 2007 roku.
20 stycznia 2007 roku grupa wystąpiła na koncercie zespołu Army of Anyone w Austin w Teksasie. Pierwszy utwór wykonali bracia Kirkwood wraz z muzykami Army of Anyone: Ray’em Luzierem i Deanem DeLeo. Drugi utwór wykonali już z nowym perkusistą, Tedem Markusem.
W marcu grupa wystąpiła na festiwalu South by Southwest, prezentując kilka nowych nagrań. Ogłosiła także tournee po USA, które odbyło się jeszcze w tym samym roku.
W 2008 roku na festiwalu ATP w Nowym Jorku wykonali na żywo w całości swój drugi klasyczny album.
Zimą 2009 roku weszli do studia aby nagrać nowy materiał. Płyta „Sewn Together” ma się ukazać w maju tego roku.
Nirvana • Soundgarden • Dinosaur Jr. • Screaming Trees • Black Flag